主たる給与（年末調整済み）と従たる給与（年末調整無し）の確定申告書の書き方で...

ban5_wan5さん

主たる給与（年末調整済み）と従たる給与（年末調整無し）の確定申告書の書き方で困っています！

この度、平成21年度分の、妻の給与について確定申告をしなくてはならなくなり、
２カ所から給与を受けていたため、２通の源泉徴収票が手元にあるのですが、
その給与の内、主たる給与（2,000,000円）は既に年末調整済みですが、
従たる給与（15000円）については年末調整されていません。

そもそも本人も従たる給与の件を忘れていたため、確定申告をしておらず、
市役所で課税証明書を取得した際にはじめて気がついたという状況です。

さて本題ですが、
確定申告を行うにあたり、国税庁の確定申告書作成コーナーより、

https://www.keisan.nta.go.jp/h21/ta_top.htm

給与所得者の還付申告書（還付はないと思いますが）を利用して作成していたのですが、

２カ所から受領した源泉徴収票について、
年末調整済みの主たる給与の方では、
支払金額、給与所得控除後の金額、所得控除の額の合計額（380,000円基礎控除のみ）、源泉徴収額
以上が記載されていますが、
年末調整されていない従たる給与の方は、
支払金額、源泉徴収額のみ記載されています。
（社会保険料等の控除は一切ありません。控除は基礎控除のみです。）

そこで、上記サイトの申告書作成フォーマット上で、
支払金額、源泉徴収額は合算して、
給与所得控除後の金額、所得控除の額の合計額（380,000円基礎控除のみ）は主たる給与の金額を記入し、
還付金確認ボタンをクリックしたところ、
計算が間違っている、入力された源泉徴収額が間違っている旨のメッセージが表示されます。

これは、片方が年末調整済みでもう一方が年末調整されていないからなのでしょうか？？
そもそも、２カ所から給与があるのに、片方で年末調整されていること自体がおかしいのでしょうか？
上記の入力方法も間違っているのかもしれません。

この週末で作成しないといけないことになっており、
大変困っております。
詳しい方、どうかお力添えをお願い致します。

よろしくお願い致します。