会社員が個人事業を兼業する場合の税務上の問題点をお聞きしたいのですが…

palme_dor_cannesさん

給与の源泉徴収票や支払調書を保存しておくことはもちろん、
領収書、請求書、納品書等も全て保存し、帳面を付けてください。
複数個所からの仕事を請けるなら、
源泉徴収しないので支払調書を出さないような会社もあるかもしれません。
その際は手渡しにせずに銀行振込にするなど、確実に証拠を残してください。

複式簿記で帳面をつければ青色申告をすることができ、
青色決算書を完全な形で提出すれば
65万円の青色申告特別控除を受けることができるのでお得です。
また、貸借対照表を書かなくても10万円の控除は受けることができます。

青色申告をするには、税務署に開業届（開業から一ヶ月以内）と
青色申告承認申請書（開業から2ヶ月以内）を提出してください。
そうすることで平成20年分の確定申告から青色申告できます。
各種様式は税務署にもありますし、国税庁のサイトからダウンロードもできます。

開業届等を提出すれば、翌年自宅に申告書が送られてくるので、
手引きを見ながら自分で書いて提出するか、税理士に頼んでください。
収入や経費を計算しないで書類だけ持って税務署に行っても
混んでいれば、こと細かくは教えてくれません。
教えてもらうなら年越し前に税務署に行って教わりましょう。

また、国税庁のサイトの確定申告書作成コーナーや
e-taxで申告してみてはいかがでしょうか。
必要な事項を埋めていくだけなので計算誤りは防げます。
e-taxをするにはICカードリーダーや住基カード等が必要で費用がかかりますが、
20年分まではe-taxで申告すると5,000円の税額控除が受けられるので損はしません。

事業でそれなりの所得を得たり、今後も継続的にやっていくなら
これらのことをやって損はないと思います。