新潟から東京まで、一番安く行ける交通手段は、やはり、夜行の高速バス(￥3500～)...

superhitachi_651さん

通常料金でしたらおっしゃるとおりですね。

ツアー形式の夜行バス（新宿行） \3,500～\4,000
新潟交通・越後交通・西武バス（池袋行） \5,250
ムーンライトえちご（新宿行き） \5,970（グリーン車は＋\1,900）
新幹線自由席（大宮まで・大宮から埼京線で新宿） \9,560

※車を運転できるなら 高速道路 新潟西→練馬 普通車１台\6,950（ＥＴＣ深夜割引適用後\4,850、ガソリン代・都内の駐車場代別途）

青春１８きっぷが使える時期でしたら、グリーン車は使えないものの、
日付が変わるまでの新潟・新津間\320
１８きっぷ１日分\2,300（駅の窓口では５日分\11,500をまとめて販売、分売不可）
指定席券\510
の、\3,130で利用できます。

バスやムーンライトえちごには上限がありますが、新幹線で新潟から乗るのであれば、まず座れないことはないと思います（帰りの大宮からは指定席をおすすめします）。確実に乗るか、それとも早めに動いて安くするかのどちらかですね。
http://www.din.or.jp/~a-aoki/night_train/echigo.html