vmwareって？

strings12thさん

質問者様の認識で概ね合っています。

製品版とフリーのものとが存在します。
おそらくフリーのものを使われると思いますので、フリー版について紹介します。

・VMware Server ・・・ 対応するホストOSはWindowsとLinux。各種サーバの仮想化を目的とする。
・VMware Player ・・・ 対応するホストOSはWindowsとLinux。他のVMwareで作成された仮想マシンを実行するソフトウェア。

ホストOSとは、VMwareをインストールさせるOSのことです。
質問者様の場合だと、今使用されているWindowsがホストOSになり、このWindows上にVMwareをインストールします。
そして、更にこのVMware上にLinuxをインストールすることになります。（インストールされたLinuxはゲストOSと呼ぶ）
VMwareをインストールすることによって、Linuxが動く環境をWindows上に作ります。
この「Linuxが動く環境を作る」ことを、仮想マシン環境を構築すると言います。

―――――――――
| Linux （ゲストOS） | ←――Linuxは、まさか自分がWindows上で動いているとは思わない
―――――――――
| VMware ********| ←――仮想マシン環境
――――――――――
| Windows （ホストOS） |
――――――――――

また、ゲストOSとなるLinuxは、直接HDDにインストールした場合と全く同じように動作します。
つまり、質問者様の言われるように、設定やファイルなどを普通に保存できるということです。

ここで、最初に書いた、VMware Serverと、VMware Playerの違いをもう少し詳しく書きます。

ゲストOSとして、LinuxをWindows上（ホストOS）にインストールする時、インストールする為の領域を確保しなければなりません。
VMwareは、この領域上にインストールされたLinux（ゲストOS）を動作させるソフトです。
ここでは、この領域のことをイメージと呼びます。
このイメージは、各ホストOSごとに作成する必要があります。
つまり、イメージを複数作れば、Windows上で複数のゲストOSを動かすことが可能です。

VMware Serverは、このイメージを作成することが可能です。
VMware Playerは、イメージを作成することが出来ません。
しかし、VMware Playerの為に予め作成されたイメージが、ネット上からダウンロード出来ます。
また、QEMUというツールを使えば、自分でもイメージを作成することが可能です。

では、VMware Serverと、VMware Playerとでは、どちらがいいかというと、Playerのほうをお勧めします。
VMware Serverは、かなりの高スペックなマシンでないと、ゲストOSの動作が重いです。
VMware Playerは、Serverに比べ、かなりキビキビと動作してくれます。

※とはいうものの、多少のパフォーマンス低下は仕方ありません。
（かなり語弊がありますが、わかりやすく言うと） WindowsとLinuxがCPUとメモリを半分こしあっているからです。

・VMware Playerについて
http://itpro.nikkeibp.co.jp/article/COLUMN/20061019/251208/

・予め用意されたイメージのダウンロード先
http://www.vmware.com/appliances/

・QEMを使い、自分でイメージを作成したLinuxインストール方法 （Ubuntu版）
http://sarabande.info/wiki/Vmware:WindowsをホストにしてUbuntuをインストールする

・同じく、QEM・・・・ （Vine版）
http://www.zinbun.kyoto-u.ac.jp/~mfujii/computer/vmware-player


以下、蛇足てきなこと。

VMware Toolsというものがあります。
VMware Playerで、Linuxをインストールし終えた後、更にこのToolsをインストールすると、簡単に共有フォルダが作成することが出来ます。
つまり、Windowsと、その上で動作させているLinuxとで、簡単にファイルのやり取りを行うことが出来ます。
また、Windowsでコピーした内容を、Linuxでペーストすることも可能です。

蛇足の蛇足。

面白いのが、デュアルモニタです。
デュアルモニタ対応のグラボをお持ちなら、試してみて下さい。
PCは一台だけなのに、片方のモニタにはWindows、もう片方にはLinuxが動いている現象を作り出し、WindowsとLinuxの間でマウスカーソルを行ったり来たりさせ、友達を驚かせることが出来ます。