今住んでる賃貸マンションを引き払うのですが､部屋の鍵をワンセット無くしてしまっ...

crescent_arcteryxさん

まず賃貸契約に明記されているかご確認ください。（まともな不動産管理なら書いてるはずです。）
無い場合ですが、基本的に賃貸物件については借主の現状回復を義務としています。
大雑把にいうと壁紙破っちゃったとかで修繕費を敷金から取るとかです。
で、鍵ですが、紛失した場合には基本的に借主側の負担になります。もちろん敷金から差し引かれます。
鍵は部屋の中（オートロックの場合は建物全体）の全財産（生命も含みます）を守るもので大事な役割を果たしています。
もしあなたが入居する際に前の家主がマスターキー紛失したからと渡されるのがスペアキーだけだったら心配ですよね。
ちなみに鍵を紛失した場合にはオートロックや部屋についてる鍵穴（シリンダー）の交換代も必要になると考えたほうがいいでしょう。

ただし、
＞ちなみに契約時に鍵の交換代金は払ってます。無くした鍵は、合鍵かメインの鍵かどうかは不明です。
これが気になるんですが、

合鍵かメインの鍵について、これは渡された鍵が合鍵の可能性があると示唆していますか？
だとしたら、それはそれで上のほうでも書きましたが問題かと思います。（ただ毎回交換してるならありえないかな）

で、契約時に交換代金を支払っているとのことですが、
これは国土交通省のガイドラインや東京ルールなどの条例では、鍵の扱いとして紛失や破損が無い限りには
入居者の入れ替わりによる物件管理上の問題であり、賃貸人の負担とすることが妥当と考えられるとなっています。
これに関しては御住まいの地域の条例の確認。あと不動産関連の相談センターにお話してみたほうがいいと思います。

相談するなら鍵を紛失したことは二の次にまず交換代の請求について妥当なのかと相談してください。
もしそれが問題ないとなった場合に、交換代を請求されているのなら自分の賃貸契約専用の鍵となるから（平たく言うと自分が購入したものと）
これは紛失しても請求されるのはおかしいのではないかと相談してみてください。
ちなみに条例で定められている場合には幾ら契約に書かれていても条例の方が強いので覆ります。

ただ、個人的には事を荒立てるのは良くないし出て行く時に気まずくなると思うので、
まずは一度大家に相談してみてはいかがでしょうか？
あとはもう一度良く捜してみるとか。