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分光光度計を使わない核酸の濃度の測定法はありますか?

mo_no_ku_loさん

2008/10/1911:55:30

分光光度計を使わない核酸の濃度の測定法はありますか?

うちの研究室は濃度測定をするための機器が揃っておらず、先輩からはエタ沈したときの(沈殿物の)白さ加減で決めろと言われました(汗)
分光光度計などの機器を使わずに、電気泳動などである程度の核酸の濃度が判る方法ってありますか?

ちなみに抽出方法は、フェノクロで組織はバラバラですし、量も適当です(汗)

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ベストアンサーに選ばれた回答

teru_a_raiさん

編集あり2008/10/2004:06:32

思いつくだけで2つ有ります。
一つは質問者さんがおっしゃっているとおりのやり方で、電気泳動し、エチブロなどで染色後、DNA量(例えばラムダDNAのHindIII分解物等)のわかっているDNAバンドの明るさと見比べるやり方。特に、ラムダDNAHindIII等は便利で、例えば全量500ng電気泳動すると560bpのバンドには5.7ngのDNA、2.02kbpのバンドには20.8ngのDNA・・・とバンドの長さによって含まれるDNA量が異なります。バンドの明るさが皆それぞれのDNA含量に(原理的には比例して)よって異なるので、自然に検量線が作れます。ただし、バンドにならないスメアーだと難しいです。
二つ目はBurton法などのDNA比色定量を使うやり方です。普通分光光度計を使いますが、検量線の試験管を並べその発色の濃さと、サンプル試験管の発色の濃さを自分の目で見比べれば、光度計が無くてもだいたいはわかります。ただし、Burton法の検出感度は1に比べて2オーダー位落ちます。もっと感度の良いのもあるのでしょうが、不勉強のためわかりません。こちらはスメアーでも何でもオッケーです。

質問した人からのコメント

2008/10/25 10:27:59

感謝 詳細な説明ありがとうございました。
教えてくださった方法が試せたらやってみたいと思います!

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2008/10/2009:31:38

まずは、その研究室から出ることを考えた方が…

ゲノムDNAやプラスミドDNAですか?
そうであれば、濃度が既知のマーカーと一緒に電気泳動して、エチジウムブロマイドなどで染色して、
バンドの濃さで見積もることが出来ます。

必要なサイズのDNAの濃度を見積もることが出来ますので、
分光光度計よりも正確に見積もることが出来るでしょう。

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2008/10/1916:59:05

例えば蛍光基質(やや高価)との基質反応で、その色の発色具合から判断するくらいのことはできるのではないでしょうか?
ザイモグラフィー法といわれる方法があり、これはタンパク質の酵素活性を測定するもので、タンパク質と基質を反応させるものですが、例えば、タンパク質に濃度の異なる蛍光基質を電気泳動槽に用意し・・・・
zymography法について調べてみてください。
ただし、断っておきますが、この方法で測定できるのはあらかじめ酵素活性のあるタンパク質がどの蛍光基質と反応しやすいか、反応定数kを決定して、最適反応条件を知る必要があります。
ちなみに私は、この分野の研究をしていました。最適条件を決定することができた試料もありますが、できなかったものもあります。(実験操作に問題があった可能性もありますが、)
この方法では、非常に大雑把な値を推測することぐらいはできますか、基本的には分光光度計がないと核酸の濃度測定は困難ではないでしょうか?

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