工業地帯地域で事務所を建築確認無しで増築し、建物自体は納税してきました。何年...

sideseakkkさん

仮に、元々建っていた建物をＡ、何年か前に増築した建物をＢ、今回建てようとしている建物をＣとします。
今、Ｃの確認申請を提出したら、Ｂの確認を求められた、ということかと思いますが、その場合、先にＢの確認を受けなければＣの建築確認は降りないでしょう。
Ｂが、現行の法規定に適合していれば、まず、Ｂ部分の確認と検査を受け、その後、Ｃの確認を受ける、というのが正論です。
特定行政庁や確認検査機関の判断にはなりますが、今回、ＢとＣを同時に確認を受けることも、相談の仕方によっては可能かと思われます。
但し、あくまでＢが現行の法規定に適合していればの話で、不適合な場合はその時点で不可となります。
Ｃの確認を提出済で有れば、その申請は取り下げるしかないでしょう。

あまりお勧めする方法ではありませんが、Ｃ部分のみについていえば、Ｃの確認を取り下げた後、Ａ・Ｂの敷地に増築ではなく、Ｃのみを単独敷地で新築するという申請で有れば、確認は降りると思われます。（Ｃが棟として独立している場合。Ａ・Ｂに棟として増築する場合は不可。）

Ａ・Ｂ・Ｃが別棟なのか、一棟なのかによっても、中身は変わってきます。

確認申請を新たに取るということは、取り壊す、ということではありません。
手続き違反ということになります。