【新築・戸建】3棟のうち、どれを選ぶか…。

revirdbewさん

最終的な判断として、①②③どれもを重視すべきです。

①ローンの返済計画にボーナス月を入れるのかどうかも重要な決断です。私は入れていません。
毎月住宅ローン返済をしなければなりませんし、当然それ以外に税金・保険を含む生活費、教育費、交際費、出来れば貯金も必要となります。ボーナスはあくまでもボーナスとしておけば、何かの購入費（例えば電化製品など）ゆくゆく必ず金欠になる時はありますので、年２回それを補える時があると嬉しいものです。
光熱費は一戸建てになれば、通常高くなりますし、現在の毎月の家賃から、ローンの毎月の返済額がどれくらいアップ・ダウンされるかも重要な比較点です。

山梨に引越されてからの通勤時間の長くなると思いますが、今後何年間、都内への通勤をしながら山梨県で転職先を探されるのか、また山梨県での希望転職先の給料の年収相場は現在の年収と同等もしくはそれ以上期待出来るのでしょうか。

今すぐ住宅購入品しなければいけない理由が無いのであれば、しばらく賃貸で様子を見ても悪くは無いと思います。
今後に明るいニュースも無い不景気の中、住宅産業も不景気のどん底であり、マンション・一戸建ての下落は今後かなりあると思いますし、焦って不動産購入する時期では無いのではとも思います。
質問者様もお悩みであれば、せめて４月ぐらいまで静観してみるのも１つの決断だと思います。
両親の世話・子供の教育環境を考えて、実家のある山梨に引越されるのはとても良いことだと思いますし、特にお子さんの成長が今後日々はっきりと見えて来る時期でもありますので、お父さんは仕事で常に家にいないのではとても寂しいと思います。

②と③は同じ土俵で考えても良いのではと思います。
間取りがいくら良くても立地条件が悪ければ仕方ありません。
立地条件が良ければ、土地・建物の床面積が広ければ、当然物件は高くなります。正直、高かろう、良かろうです。
選択肢③の住宅以外は間取りのことがあまり記載されていませんが、３軒とも、十分な収納スペース・プライバシーは確保されていますか。水回りの使い勝手は良いですか。内装の部材は全て同条件ですか。などもよく考慮してください。

質問者様の奥様も③の住宅が気に入られているのであって３棟の中から住宅購入するのであれば、後は価格交渉だけだと思います。

Uターン転職を考えているのであれば、私なら現在の家賃より負担が増える住宅購入は考えません。