昔何かのマンガかアニメで「刹那」という名前の男の子が主人公の話を見かけて以来...

週間少年ジャンプで『タイムウォーカー零』という漫画がありました。

主人公、男
『刹那 零（せつな れい）』
時間と空間を移動出来る『エスパー』の主人公です。
アニメ化はされてないと思いますが。
ご参考までに。

違うと思いますが「烈火の炎」という漫画に刹那はでてきますよ。主人公じゃないですが主人公が使う八竜の一匹に刹那がいます。
97年か98年頃にアニメもありました。参考になれば幸いです。

おそらく、「刹那」という名前の男の子キャラは結構多いと思いますので、もう少し情報があると有り難いのですが…（何年くらい前に見たものなのか、どういう容姿の主人公だったのか等）

今パっと思い浮かんだのは
○刹那・Ｆ・セイエイ（ガンダム00／アニメ）
○無道刹那（天使禁猟区／漫画：花とゆめ）

この二つくらいなのですが…

『天使禁猟区』（てんしきんりょうく）ではないですか？
刹那という主人公の男の子の話ですよ～！

作者 由貴香織里さんにによるファンタジー漫画作品。全20巻、文庫版全10巻。です！

花とゆめに昔連載されていた「天使禁猟区」の
主人公が「無道刹那」でした。OVAにもなってたと思います。