賃貸物件を借りた際、（保証人はいるのに）強制的に保証会社を通させられました。...

shirakaba789456123さん

賃貸物件を借りた際、（保証人はいるのに）強制的に保証会社を通させられました。書類の行き違いで「申請期限切れ」とかで再申請をするように言われましたが、実際はそのままです。どういうことなのでしょうか？

子どもの下宿を借りる際、私（専業主婦）が申込者で主人（公務員）が保証人で契約をしましたが、所得確認などもしない段階で強制的に保証会社を通させられました。同一家計がダメなら、親族でも保証人になってくれる人は沢山いると言っても、ウチは必ず保証会社を通してもらっています、との返事でした。

急いでいることもあって、そのまま保証会社に5万円ほど払って手続きをしましたが、その後書類の郵便事故で保証会社への提出が遅れ、管理会社から「期限切れだから、もう一度申請し直す」と連絡がきて、その時に用意した書類は破棄となりました。
「その後、「再手続きのための新しい書類を届ける」というメール連絡が携帯にきたまま、一向に書類は届かず、さらに２カ月が経とうとしています。

水漏れ（手抜き工事・工務店持ちで修理済み）や近所の騒音など不満もあり、この2月いっぱいで退去することにし、FAXと郵送、留守番電話（ほとんどいつも留守番電話状態）で、退去通知は出しましたが、梨のつぶてです。

担当者が最初からまめで懇意なタイプではなかったのですが、年末年始だからか（？）連絡がつかないので一体どうなっているのか訳がわかりません。

退去時にごたつかずに出られるのかも不安ですが、書類が未提出のままの保証会社との契約は、今、一体どうなっているのでしょうか？
保証会社に書類が通っていないのだったら、最初に払い込んだ5万円は修繕費（かかる場合）と相殺してもらうなど出来るのでしょうか？

司法書士の知識のある方か不動産関係の方からのお返事をお願い致します。