自分は今、祖父の持ち家に住んでいて祖父が今、長期の入院生活しており、別の場所...

noppenoimoさん

不動産登記準則第３５条及びその別記５３号様式に「不正な登記の申請がされる恐れがあるので，上記不動産に対して登記の申請があった場合は，連絡願います」という不正登記防止申出の制度が定められています。
登記済証（権利証）が盗難にあったり，印鑑証明書の不正交付が発覚した場合を想定して作られた制度ですので，本件にマッチするかはわかりませんが，知識としてお伝えします。
この申出があると，法務局は書面審査だけでなく，登記官が本人の確認をすることになっています。この申出をして，そのことをお父様に伝えれば，お祖父様が知らない間にお父様が勝手をすることを予防することができるかも知れません。
それとは別に，この所有権移転登記申請を司法書士が代理したときには，司法書士は本人確認が義務づけられいますので，お祖父様の入院されている病院へ出かけていき，お祖父様の意思確認をすることになります。
お祖父様が本心から売却を望まれ，売買代金の受領なども含めてお父様に委任した場合は，売却を止める手段はありません。ただしこの場合もお父様がお祖父様に代わって受領した売却代金はあくまでお祖父様のものですから，お父様が私的に何かに使えば横領になってしまいます。
また，土地登記簿謄本（土地登記の全部事項証明書）は法務局へ行けば誰でも何度でもとれますし，謄本は登記済証（権利証）と違って登記申請の添付書類ではありません。謄本は現在の登記内容を確かめるだけでそれを使ってなにかできるわけではありませんから，本当にそれを要求されただけなら，あまり心配しなくても大丈夫ではないでしょうか。権利証と印鑑カードを持ってこいと言われたらそのときは本当に心配です。