加持リョウジ

atarasiishakaichiriさん

仮説
・まず殺される寸前に言った事が「遅かったじゃないか」
　という言葉から上の人ではないはずです。
　彼の性格ならあんな状況でも敬語を使うはずだからです。
　碇指令やゼーレの可能性はなくなる。

・殺される前のシーンで黒メガネが加持については知らないといってます。（この言葉が真実だと仮定して）
　そのシーンでは銃がミサトに返されています。
　そのシーンでのやり取りをこう解釈するとどうなるでしょうか。

＜　加持の行方を知らない→一番親密な関係にあるミサトが彼の場所を知っていると黒メガネは推測した。
　
　銃を返す→居場所をミサトに見つけ出させてミサトに射殺させる目的もあって返した　＞

また、黒メガネが銃を所持してるシーンがないところから銃を扱う権利を持っていないとも解釈出来る。

それから、死ぬ前の「遅かったじゃないか」の台詞のときの口調から黒メガネではないと推測できる。（個人的な解釈で）

と言うことで射殺したのはミサトだと思います。（かなり無茶苦茶）
下手な説明でごめんなさい

uver_bump_all_loveさん

彼はゼーレ・ネルフ・政府の３重スパイをしてましたし、それで色々情報を持っていかれたりしたら困る、ということでネルフの碇司令官が殺害したのではないでしょうか？

違ったらごめんなさいorz

herumesunokazeさん

確かなことは誰にも分かりませんが、私は碇ゲンドウじゃないかと
「おまえは知りすぎた」みたいな感じで

michaelno0さん

サングラスをかけた怪しいおじさんたちです。