日本の駅ビルってホームの部分の上には建物が建っていないことが多いような気がし...

yaboqunさん

日本だけでなく、盛んに開発を進めているドイツなどの鉄道先進国でも、
線路上空に駅ビルなどの大規模建物を造ることはあまりありません。

線路の上に建物を建てるには、線路の間に柱を建てる必要があり、
それを支える基礎が重要になりますよね。
普通の建物なら、「地中梁」を柱と柱の間に渡す必要がありますが、
線路があるために、それが出来ません。
建築基準法では、構造設計上、地中梁が無い場合に、かなり特殊な設計になります。
橋上駅などの比較的低層の建物は必然性が高いので、
「線路上空建築物（低層）構造設計基準」（通称「低層指針」）という基準を作って対応していますが、
この基準では高層建物は設計不可能です。
線路上空に駅ビルなどの大規模建築を建築する場合は、大臣認定によるしかありません。

また、もし認定が降りたとしても、建築がかなり困難です。
実際、名古屋駅のJR高島屋などが入った高層駅ビルやルミネ荻窪駅ビルは、柱が一列だけ線路を跨っています。
しかし、これも電車が通る線路の上に建てるために、線路上空は全て夜間の終電後に作業します。
山手線クラスになると終電から始発までの作業可能時間は40分しかないそうです。
終電が終わって手続し、架線（電流線）の電気を止め、準備し、作業し、片付けて安全を確認して、電気を復旧し、始発を走らせる・・・
24時間で40分では、人件費を含め3倍以上の金額と危険性を伴う工事になります。

他にも色々厳しい条件があるため、
不可能ではないし、実際線路上空に建てれている実例もありますが、
営業している線路の上空での建設は、かなりのリスクがあって、
あまり建設されていないといえますね。

追記+++
池袋の東上線上空のビルはターミナル（終端駅）で、
むしろ、ビルの中に駅を作っている形式で、詳細は分かりませんが、
電車が走る前に建設すれば通常の建築基準法で設計できるビルですね。
昔の神戸・三ノ宮駅もビルの2階に電車が入る方式で、電車が走る前に建設すれば可能です。
新宿のルミネは「人工地盤」式の建設方式で、線路上空ではありますが、かなり稀な例です。
（人工地盤は一旦線路上に平らな床を作り、線路空間とは切り離して建設されるような工法です。）
更に、豆知識ですが、線路上空にも建蔽率や容積率あります・・・
東京駅の容積率を周辺のビルに振り分けた話は有名です。（特例容積率適用区域制度）
↓
http://www.kajima.co.jp/news/digest/mar_2005/site/index-j.htm
http://www.metro.tokyo.jp/INET/CHOUSA/2002/02/60C2F100.HTM
また、最近はエキナカ（品川駅などで店舗展開）で石原都知事が税制を変えたのでJRが反発していますね。
すみません、余計な追記で・・・