7月中旬の知床、旭川方面旅行についてどの辺りに宿泊したらいいか教えて下さい

stmds765さん

始めに、残念ながらまことに無謀なスケジュールだと思います。北海道は頭でイメージする以上にドデカイです。
2泊3日だと、女満別-釧路の両空港を結び線と、そこから知床半島方向など東よりの三角形のエリア全てを周るのすら困難です。
地図でこのエリアとご希望のエリアの面積を比べてみてください。この倍ほどの距離を移動されようとしています。

1日目は移動距離として無理はないと思います。
到着後荷物を受け取り、レンタカーの手続きが済み発車できるまで1時間で14時発とします。
それで、知床半島の核心エリア到着は、途中オホーツク海沿いのスポット（北浜駅、小清水原生花園など）に立ち寄って、16時前後でしょう。
この日は知床の夕方以降の観光で終了です。これ位の移動距離が道内移動の実際の限界です。

ですから、ご希望のコースは2日目、3日目は、完全に無謀です。
途中の観光地にはどこも寄らずに、ただひたすら走りっぱなし。それで到着できるか微妙なところです。

2日目が温泉宿希望ですと、阿寒湖温泉か川湯温泉宿泊が妥当だと思います。
朝ウトロ発で知床峠を越え羅臼、羅臼から標津、中標津の大酪農地帯を満喫して、摩周湖、屈斜路湖を見て、川湯温泉泊。
阿寒湖温泉泊の場合は、中標津方面のドライブは時間的に厳しいと思うので、羅臼には出ず斜里から三大湖入りです。
3日目に阿寒湖観光から釧路へ抜け、釧路湿原を展望したあと、釧路空港からoutとするのが現実的な移動距離の範囲だと思います。

試しに、ご希望に近いコースをシミュレートしてみます。
道央へは弟子屈に南下せずに、斜里から女満別に戻り39号線で北見市を抜け石北峠を抜けるルートの方が、遥かに短距離です。
このルートで温泉となれば層雲峡温泉があります。
ウトロ9時発で途中休憩や昼食を挟んで（途中の観光は原則なしで）、層雲峡到着は3時半-4時前に到着という感じでしょうか。
（ウトロ-層雲峡 217km 4時間24分 途中休憩等、一切考慮せず、走りっぱなしでの移動）
http://northern-road.jp/navi/time/info/result.php?dep=018324&arr=01...
そして、翌日、美瑛・富良野となる訳ですが・・・。
層雲峡-富良野は、150km3時間の道のりです。美瑛だと100km2時間となります。
これだと、朝、層雲峡を出て移動しても、旭川空港に戻る時間を考えると、観光時間が殆ど確保できない事になります。
（都市間の移動ナビ http://northern-road.jp/navi/）

この様に、道東と道央を2泊3日で巡るのは基本的に無茶、とだけご認識下さい。