例えば、ナルトとか銀魂の同人誌って、原作者の著作権侵害とかにならないんですか...

hahikosiさん

侵害になりますね。
大分前ですが、ポケモンの同人誌を描いていた方が逮捕されたこともあります。
任天堂が訴えた形で。
只、ポケモンの同人誌を描いてた人は沢山いたはずで、その中の一人を逮捕したのは、他の人たちへの見せしめであるとも言われました。（特に内容が酷かった為に、その作品を任天堂に誰かが送り、それで・・とも聞きましたが、本当にうろ覚えです）

集英社は、逆に同人のようなアンソロジーも認めており、姿勢としてはどちらかと言うと積極的なようです。
少子化や漫画離れが進む中、同人を支える対象者たちも、マーケット的に無視出来ない存在になっています。やはりそこは商売ですから。

漫画家さんの考えは、それぞれでしょうね。
他の方も言ってますように、同人上がりの方は容認されるでしょうし、同人によってファン層や人気を押し上げる場合もあるので、黙認されている先生が多いのではないでしょうか。
又その逆に、同人をハッキリ嫌いと表明されている漫画家さんも勿論います。

作者が拒めば、描かれないようすることは出来るはずですが（上のポケモンのように）、所属されている会社が黙認状態でしたら、結局放置になってしまうと思います。

これも時代の流れでしょうね。