示談・自賠責保険等にお詳しい方、おられませんか。

tscmarine213さん

1）自賠責は人身（ケガ）に関するものに対して支払われます。
ですから、治療費以外にも治療期間中の休業損害、通院に伴う慰謝料、通院交通費なども支払われます。
物損（バイク、洋服等）については自賠責の対象外で支払われません。

「自賠責は治療費のみに適用」というのは、おそらく怪我の治療に関することにのみ適用で物損については適用されないという意味だったのではないでしょうか。

2）内容が分かりませんので何ともいえません。金額がいくら違ってその原因は何かを確かめてください。
よくあるのは、自賠責に請求するためには自賠責用の診断書・診療報酬明細書というものが必要となりますが、その費用を加害者が直接病院に支払っていて、その分があなたのもっていた領収書との差額となっていることがあります。
また、あなたが相手から治療費として預っていた金額と実際に支出した金額の差額ということであれば、本来はその差額は治療費ではなく慰謝料にプラスすべき金額だということになります。
ですから、本来は「治療費」および「慰謝料」の金額を訂正するべきですが、人身に関する金額の合計額があっていれば特には問題ないでしょう。

3）示談書は、当事者（あなた、相手）それぞれ1通と自賠責請求用に1通の合計3通です。
3枚署名捺印して、1枚をあなたが控えとして持っておくことになります。
ただし、示談するということは、以降は事故に関するものは一切請求できないことになりますので、示談書の内容が妥当かどうかを確認しておいてください。
また、示談書には「上記賠償金額以外に甲（相手の方）の自賠責保険より支払われる金額がある場合には、乙（あなた）が甲の自賠責保険に直接被害者請求して受領することを妨げない」との一筆を入れておいた方がいいでしょう。
理由は下記します。

以下チェックポイント
a）物損については金額についてあなたが納得されているのであれば問題ありません。

b)人身については自賠責から次のようなものが支払われます。（総額で120万円が限度）
・治療費・・・妥当な実費
・休業損害・・・仕事を休んで給料が減額となった場合。アルバイトの場合も対象になります。
・通院交通費・・・電車・バス代などの実費。マイカー利用の場合は1kmあたり15円でガソリン代が支払われます。
・慰謝料・・・総治療期間と実治療日数×2の少ない方に1日あたり4,200円を掛けた金額が支払われます。
例えば、30日間の間に10日通院したのであれば、30日＞10日×2ですから、慰謝料は、4,200円×10×2＝84,000円ということになります。
相手の方から支払われた金額のうち、人身に関するもの（治療費・慰謝料）の額が上記で計算した金額より少ない時には、あなたが自賠責に被害者請求すれば残額が支払われることになります。
ですから、一度試算してみて相手の方から支払われた金額が自賠責の金額を明らかに上回っていれば追加で支払われることもありませんから示談書にそのままサインしてもいいのですが、残額があるようなら被害者請求の手続きをした方がいいでしょう。

ただ、手続きが分かりにくいと思いますので、一番簡単な方法をお教えしておきます。
それは、示談書に「上記賠償金額以外に甲（相手の方）の自賠責保険より支払われる金額がある場合には、乙（あなた）が甲の自賠責保険に直接被害者請求して受領することを妨げない」との一筆を入れておくのです。
そうすれば、相手の方が加害者請求したら、自賠責保険会社（調査事務所）が金額を計算してくれて、もし自賠責から追加で支払われる金額がある場合には、「○○円ほど追加で支払われますが、請求しますか？」と連絡があります。
その際に同封されている書類に署名・捺印して印鑑証明をつけて返送すれば、指定の口座に振り込まれます。
この文言が無ければ、もし計算上自賠責に追加請求できる金額があったとしても自賠責からは支払われなくなります。