よくディスカウントチケット屋さんで、目的地までのＪＲ乗車券を何枚に分けて売っ...

gkasy5さん

六本木という駅で出入りしたいのなら、JRだけで乗れません。(地下鉄に乗り換えることになります。）
で、1枚でJRと地下鉄両方に乗れるという切符は存在しないので、東京までの切符を買って、地下鉄部分は別途払ううことになります。

なお、横浜までの切符を買った場合、差額ではなく、その切符では乗れない区間の運賃・料金(要は新横浜-東京に乗るときに必要な金額)を払うことになります。このため、横浜までの切符を買って精算しても安上がりになることはありません。

基本的には長距離の移動の場合は、切符は分けない方がいいです。
金券ショップで分けて買うしかない場合でも、分けたことにより普通に切符を買うケースより割高になることが多いです。

補足を受けて
乗車券は区間が連続していれば、何枚に分かれても使えますので、その販売額が正規運賃より安ければ、使用しても問題ありません。
横浜までの組み合わせを使って、東京まで乗る場合は、横浜-東京の切符(運賃)が別途必要になり、これがお示しの差額より高いので、お示しどおりの金額で販売されているのなら、東京までの組み合わせを買ったほうが安くなります。

なお、この組み合わせの券の場合、｢乗車券」のみですから、この切符のみで移動したければ在来線の普通・快速列車を乗り継いでゆくことになります。
名古屋-東京の新幹線特急券を別途購入すれば、新幹線利用は可能です。（おそらく自動改札は通れないので、5枚の切符を有人改札で示すことになります)
但し、この場合最初から名古屋－東京に有効な新幹線回数券を買ったほうが安くなるかどうかは不明です。