MMDで作ったAVIデータを高画質でニコニコ動画へUPするにはどうしたらいいでしょう...

ID非公開さん

MMDで作ったAVIデータを高画質でニコニコ動画へUPするにはどうしたらいいでしょうか？

数日前にMMDを始めたばかりの初心者です。
曲、モデル、モーションを読み込んで一曲分作ることができ、無事にAVI出力することができました。
ですが、未圧縮なせいなのか1分44秒で2.3GBのAVIになってしまいました。
それをウィンドウズムービーメーカーで「ローカル再生用ビデオ2.1Mbps」で保存すると25.9MBのWMVデータができ、次はそれをmencoderでflvへ変換（ビデオ536kbps 音64kbps）したところ、7.8MBのFLVができて、ニコニコ動画にUPすることができました。
そして今悩んでいるのが、もっと高画質な動画を作りたいのです。
動画作りの知識がほぼないため、上記以外に高画質を作る方法がわかりません。
できたらmp4で高画質をつくるほうほうを教えていただけたらうれしいです。