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電気泳動で分子量マーカーの味方が分かりません。 画像を添付しました。

zib********さん

2014/12/1522:55:59

電気泳動で分子量マーカーの味方が分かりません。

画像を添付しました。

分子量マーカーって、一つ一つのバンドが何bpか記載されていないケースが多いのですが、私の宿題で出されたものも、あるサイトから拝借した添付画像も同じくバンドの一部しか何bpか書いていないです。

それなのに、例えば画像のものだとMが分子量マーカーになりますが、1が6031で2,3も6031(1と2,3は少しだけ差があるように見えるのですが…)など書いてあります。4などについても詳細に何bpか書いていますが、こんな分子量マーカーで何故そのように正確に分かるのですか?

私の出された宿題もこのように一部しか分子量マーカーのバンドに指標となる数字のbpが書いていないのですが、インサートDNAの長さが何bpあるか求めよという物があります。
大体でしか書けないのが普通かと思うのですが…何かルールや定数でも存在するのですか?

一応この画像が載っているサイトを載せておきます。
http://www.mls.sci.hiroshima-u.ac.jp/smg/education/ephoresis.html

分子量マーカー,バンド,インサートDNA,電気泳動,BP,制限酵素,EcoRI

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ベストアンサーに選ばれた回答

2014/12/1608:42:59

現役の頃の記憶が結構錆び付いているのでうろ覚えですがご了承ください。

分子量マーカーは、配列が判っているDNAを特定の配列で分断する制限酵素(EcoRIなど)で処理したものです。ですので、DNAの配列に制限酵素の認識配列を照らし合わせるとどこでカットしたのかが推測でき、それぞれのDNA断片のサイズもbpレベルで判断できます。
DNAと制限酵素の種類によって、マーカーのバンドのサイズや組み合わせも変わります。各バンドが微妙な数字なのはそのマーカーに使用している制限酵素の仕様です。親切な製品などは5kbpずつ刻んでいる便利なものもあります。

また普通は分子量マーカーの説明書に各バンドの分子量が掲載されているものだとおもいますけどね。
分子量を載せていない部分は、サイズにばらつきがあったりバンドが近すぎるなどして目盛りに適さないからではないでしょうか。

で、サンプルの分子量自体はマーカーとの比較で判断するため、完璧に正確な値は求められません。あくまで目安です。
ですが写真と参考サイトのものは、使用しているプラスミドも制限酵素の認識配列も予め全て判っているものなので詳細なbp数が割り出せるだけです。
当然、配列が不明なサンプルだとマーカーとの比較で「〇〇bp程度」としか判断できません。

質問した人からのコメント

2014/12/16 17:55:01

降参 参考になりました!ありがとうございました!

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