御朱印帳の裏面使用に関しましては、知恵袋の中でも、肯定・否定の両方の回答があり、どちらが正しいとは一概には言えません。
なぜなら、各地方にはそれぞれの風習がありますし、同じ佛教でも教宗派により考え方も違います。さらに神道も含めますと、様々な考え方があるからです。
(裏面は使用しないという考えの方は神道に多いように思います)
実際、複帖(各頁が二重)になっているもので、最初から両面を使うことを前提に作られたものも販売されていますし、また、霊場会などが監修している書籍でも裏面の使用を勧めているものも見受けられますので、裏面の使用がNGという訳ではないと思います。
様々な御意見を参考になさった上で、御自分の信じる方法に従って御判断なさると良いと私は考えます。
その上で、表具師の立場から、一つの考え方をお示ししたいと思います。
御朱印帳を、将来、掛軸や額、屛風に仕立てる時に問題となるのが裏写りです。
単帖(各頁が一重)のものは裏写りしやすいので、お持ちの御朱印帳が単帖であれば、いくら分厚い和紙であっても、原則として片面のみの御使用をお勧めします。
両面使用を前提とした複帖であっても、墨の量によっては裏写りすることがありますので、もし、両面を御使用になるのでしたら、間に下敷きの紙を入れて三重にしておかれると安心かと思います。
御参考まで。