もし明石海峡大橋が当初の計画通り、鉄道・道路併用橋として建設されていれば、

紀淡海峡トンネルという希望を残そう！

国鉄が鉄道敷設を断念したので、鉄道・道路併用橋から設計変更して道路専用橋になったなったのが経緯です。
先に完成した大鳴門橋は鉄道・道路併用橋で造られましたが、鉄道が通らなくなったので徳島側からの渦潮見物の展望遊歩道になっています。①参照
本来本四架橋は四国側の要望がとても強いが、本州側はさほどでもない状態の四国側の片思い状態で、
それは本四公団の赤字の後始末時の本州側の府県や市町村の負担に対する冷めた態度でもわかります。
また四国内でも直接恩恵のない高知県と瀬戸内海側の県とでは温度差があり、一枚岩ではありません。
JR 四国の３００億くらい売り上げ規模では、建設費を国が１００％負担してくれない限り無理でしょうし、
後年発生する補修費ですら？ですね。塗装一つとってもその辺の鉄橋とケタが違います。

本来は児島・坂出ルートと同じように、神戸・鳴門ルートも二階建ての鉄道・道路併用橋で計画されていたのが、
【1】経済性
瀬戸大橋線との旅客、貨物の取り合い。身内の潰し合いになります、悲惨です。
鉄道部分としての本四公団へ払う負担金。瀬戸大橋の場合４５００億円くらいだったと聞いたことがあります。
国鉄時代なら清算事業団にツケ廻しできますが、ＪＲでは自己負担。西はまだしも四国では負担できないでしょう。
【２】本州側の取り付け
海から即山中に移行、橋からトンネルになり９０°向きを変えるアクセスなので新幹線を殺す急カーブ、
在来線でもきつい線形になるのであまりよくありません。

という理由で道路専用橋に設計変更になりました。②③参照
その際に１６０ｋｇｆのケーブル片側２本だったのが、新開発の１８０ｋｇｆの太目のケーブル片側１本にした経緯があるので、③参照
超軽量の新交通システムならいざ知らず（それを上回るバスの便です）、鉄道の併設は将来とも無理でしょう。

もし最初から明石海峡大橋が鉄道・道路併用橋で建設されたならば、当然淡路島内には１６０ｋｍ/ｈくらいの快速を運転、
大規模な宅地開発をして建設費の穴埋めをするしかないでしょう。ここはＪＲ西の縄張りです。（兵庫県）
一部が四国まで直通することになるでしょうが、四国内は高速道路網ができてしまっているので高速バスとの戦いで苦戦、
本数が確保でき、低い料金が維持できなければJR 四国の破綻を早めるだけでしょう。
その上本州側は西の持ち物、四国の都合のいいダイヤの設定できないのはマリンライナーで経験済みです。

①大鳴門橋
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%A4%A7%E9%B3%B4%E9%96%80%E6%A9%8B
②本州四国連絡橋
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%9C%AC%E5%B7%9E%E5%9B%9B%E5%9B%BD%E...
③明石海峡大橋
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%98%8E%E7%9F%B3%E6%B5%B7%E5%B3%A1%E...

↑逆です。

大鳴門橋は鉄道に対応した構造になっていますが、明石大橋が鉄道が通せるような構造になっていないのです。

大鳴門橋は本来鉄道が通るスペースだったその空きスペースを利用して、「渦の道」が建設されました。

鳴門大橋が対応していないので無理でしょうし、
それがクリアになったとしても徳島以遠を電化するほどの需要もなさそうですし。
（かといって通勤列車がディーゼルカーで神戸方面に乗り入れるのもねえ）

補足

fukyo_2005さん

ご指摘ありがとうございます。認識不足でした。

なかなか厳しかったんじゃないですか？JR西日本もJR四国も財政的にも・・・。
神戸淡路鳴門高速鉄道なんていう会社を設立して上下分離方式にすればやってたかな？
（沿線の自治体とJR西日本・JR四国あたりが出資した第三セクター形式）

まあ技術的には明石海峡大橋までのアプローチをどのように建設したのか
鳴門線や高徳線の電化や複線化用地の確保ができたかなどの問題もありますね。
運行面でも神戸線直通にした場合、強風で遅延多発してしまうダイヤを維持ができたかどうか？

結論としては今の形でよかったと思います。JRも高速バスに参入したので、
固定費の高い鉄道よりはよっぽど収益性が高いわけですし・・・。