バビロニアは地域の名前。より大きな地域であるメソポタミア（現在のイラクあたり）の一部（南部）を占めます。そしてその地域を中心として起こった王国や帝国を指すこともあります。 バビロンはバビロニア地域にある都市の名前。バビロニアを中心として起こった国はバビロンを首都とすることが多かったようです。 日本で言えば江戸幕府と江戸、鎌倉幕府と鎌倉、室町幕府と京、大日本帝国と東京のようなもの。