なぜ、トランス脂肪酸だけ悪者になっているのでしょうか？

トランス脂肪酸が日本で注目され始めたのは、２００６年１２月にニューヨーク市が市民に販売する食品やお菓子始め外食産業にまで規制を始めたからと認識しています。米国の外食産業と言えばマクドナルドやケンタッキーなどで、これらの店は日本国内いたるところにあり、これらのチェーン店が一斉に日本国内でトランス脂肪酸の少ない油に変えると、ミスタードーナツなど日本企業がダメージを受け大変な問題になる、マスコミが少し騒ぎました。（これらの外食産業が使っているのはマーガリンではなくショートニングです）
トランス脂肪酸を多くとり続けると、脳や心臓血管障害と因果関係があることが分かっていながら、日本人の平均値が西欧諸国に比して少ないとのことで、国は放置しています。（西欧で多い大腸がん、乳がん、前立腺がんが日本でも増えているにもかかわらず）
マーガリンは自然界に無い人工的に作られた油で人間にどの位危険なのか、どの程度なら食べ続けても健康被害が出ないのか何世代も食べ続けないと結論は出ないと思います。質問者さんのマーガリンとバターの問題は人工的に作られたものかそうでないかの違いだと思います。
同じような問題で、草食動物の牛に肉骨粉を食べさせると狂牛病が出ることが最近分かって、日本では禁止になりました。遺伝子組み換え大豆は危険なのかどうか結論は出ていませんが、人間の都合（多く収穫できる）だけで人工的に作り出した大豆はヒトが地球に生まれて一度も食べてこなかった食材で人間に適合しているかどうか不安で遺伝子組み換えでない豆腐を買っていると思います。

トランス脂肪酸の規制先進国であるデンマークの基準では、
脂肪や加工食品に含まれる脂質、トランス脂肪酸2％以下。

明治コーンソフトの場合は脂質中にトランス脂肪酸は12.7％で不合格。
小岩井マーガリンは脂質中1.8％で合格となります。

バターのトランス脂肪酸は2％を超えますが、天然物なので、規制外です。
http://tabemono.info/report/former/10_1.html

（マーガリンのトランス脂肪酸は、人工的に生成した植物油を無理やり固形にするときに
できてしまう不自然な物質なのです。食べるプラスチックといわれています。）