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ある遺伝子について調べています。その遺伝子からは2つのアイソフォームが作られ...

muu********さん

2019/7/1213:30:19

ある遺伝子について調べています。その遺伝子からは2つのアイソフォームが作られるのですが、一方は全長タンパクで、もう一方はその遺伝子の一部から作られます。

この小型のアイソフォームの作られ方を知りたいです。作られ方の一つは転写開始点が同じで、mRNAがスプライシングを受けて作られるというものです。もう一方は転写開始点が異なるというものです。と主にこれら二つの作られ方を想定しているのですが、このどちらかを確定する方法はありますか?
実験をすることができないので、データベースなどを用いて調べたいです。地道に論文を読むしかないのでしょうか?

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cha********さん

2019/7/1218:29:38

muu********さん

お調べになっている遺伝子が、どういう生物種のものでどういう遺伝子か
わかりませんが、ヒトやマウスなどの生物種だったら、
expression data がベースになっている NCBI の UniGene を
調べてみたらいかがですか。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/unigene/
遺伝子名で検索してヒットすれば、そのページの下部に
mRNA として登録されているデータの一覧が出てきます。
運が良ければ、その中には alternative splicing のものも
含まれているかもしれません。

あるいは、フルシークエンスがわかっていれば
ゲノムブラウザーで BLAT を行ない、
ゲノムシークエンス上のマップを見て判断できるかもしれません。
https://asia.ensembl.org/index.html

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mad********さん

2019/7/1218:08:20

配列を解析すればいいでしょう

貴方がなんの情報を得ていて、これから得られるか次第でしょう

ieo********さん

2019/7/1217:03:11

UCSC genome browser

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