別の物です。以前は各省庁に大臣の下に政務次官が置かれていましたが2001 年の省庁再編時に廃止され、代わって設置されたのが副大臣と大臣政務官（これが正式名称ですが、一般には政務官とだけ呼ばれていますね）です。 以前は大臣＝政務次官＝事務次官だった体制が、大臣＝副大臣＝政務官＝事務次官。となりました。 政務次官が副大臣になった感じですが、以前の政務次官は大臣を代行して省内事務の決済をする法的権限もなく、”お飾り”的な存在でした。任命されるのも当選1～2回の若手国会議員が多かったです。 現在の副大臣は法的権限も強化され、当選4回程度の国会議員が任命される事が多く、実際に大臣に準ずるような位置づけになっています。 権限や任命される国会議員の顔ぶれからは、政務次官は政務官に近い、むしろそれより弱い位置づけの存在だったと思います。