シェルスクリプトにはエイリアスは適用されないのでしょうか?

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はい。エイリアスはプログラム外で簡単に変更できてしまうので、一般的には、むしろ外して、影響を受けないように考慮して安全性を確保する様にします。 動いている最中に別のコマンドにエイリアスされるとこまるでしょう? 他のシェルスクリプトを参考してみると PYTHON=/usr/bin/python3 ${PYTHON} ... みたいな使い方されているのを見たことはありませんか? マルチタスクなOSはもはや当たり前ですが、その分他のプロセスからの影響を考慮した作りにするようにします。