>ドメインをまたいで一つのウェブサイトになっています。 ⇒人間の目では１つのWebサイトのように見えたとしても、ボットから見るとドメインが変われば別サイトとして認識されます。 >それともサイト別でサイトマップを保存すべきでしょうか？ ⇒サイト別でサイトマップを保存したほうがいいと思います。 サイトマップはそのサイトにどのようなベージが存在するのかお知らせするものなので、通常はサイトのトップページ(index.html, index.php)があるルートディレクトリに設置します。 カテゴリ毎に数千ページもあるようなサイトではカテゴリ毎にサイトマップを設置するのもありだと思います。ボットは階層をたどってサイトマップを参照します。 サイトマップを複数のファイルの分ける場合は、robots.txtも設置したほうがいいと思います。robots.txtもルートディレクトリに設置します。