JRから分離された会社がJRに吸収されることは、無いと思います。
候補が思い浮かびません。
また、儲かって戻るという可能性もない。自立できている会社がJRに吸収されるメリットがない。JRが買収しようとすると恐るべき多額の費用が必要になる筈です。
儲かるという要素を度外視すると、JR線と完全に一体化して近年に建設された第三セクターの場合は、長期的に見てJRと合体する可能性は高いと言えます。
東京で言えばりんかい線です。
全区間地下であり、多額の国庫補助を受けています。このため営利企業であるJR東日本は経営主体になれず、補助金の受け皿企業を別に設けました。
この、多額の設備投資が償却期間を終えるなどして「ほとぼりが冷めれば」、わざわざ別会社である必要性も薄れ統合の機運が高まるかもしれません。
しかし、開業から長期間を経て設備も老朽化します。修繕に際し再び補助が付くとなると、JRであるよりはりんかい線であったほうがスムーズに話が運ぶ可能性もでてきます。
いずれにせよ何十年も先の事で、その時にならないと判りませんね。
その日を生きて拝める日は来ない可能性を案じたほうが良い。