非親告罪だから立件すれば100%はおかしいですね。
普通の犯罪同様、検察官によって不起訴とされる余地は大いにあります。
嫌疑に証拠不十分のとき、訴訟条件を欠如するときなどのほか、検察官の訴追裁量に基づき起訴猶予処分に付する場合も含みます。
そのうえで、性犯罪は法廷がセカンドレイプの場になりやすいことや示談などが強く機能することから、被害者が証言してくれない、すなわち証拠が足りなくなるなどその他の事情から、少なからずほかの犯罪よりは成立させるのが難しいとはいえそうです。そういう意味では相対的には起訴する確率は低くなります(あくまで相対的な話で、証拠が一式揃ってる・犯罪が重大なら容赦なく起訴されるはずです)。