エンジン効率が悪いとか、そもそも車体が重いとかでしょうね。 例えば、４ストと２ストであれば、４ストのほうが大分高効率なので、同じ馬力なら４ストの方が燃費が良いのが普通です。 あと、基本的にはおっしゃるように出力の小さいエンジンの方が燃費は良くなる傾向にはありますが、車体の重さや積載重量に比較して非力すぎるばあいには、悪化する場合もあります。 これはパワー不足を「シフトダウン・シフトアップしない」ことで補うとか、そもそもパワー不足だから最終減速比が大きめになっているとかで、よりエンジンを高回転域で常用することからくる話です。