天皇の歴史、言い換えれば日本の歴史は、 古事記と日本書紀から始まっています。 古事記と日本書紀はほぼ同時期に編纂されています。 内容は古事記は「神話」が中心。 日本書紀は朝鮮半島との関連などの事実関係、 現在で言う「歴史」的な記載が大半を占めます。 ただし、この二つが編纂された時代では、 神話と歴史に明確な区別が成されていません。 （現代でも古代史研究においては、この区別をつける意味はないです。） 神話と歴史は不可分な連続性をもって語られています。 その証拠にこれらの編纂を命じた天武天皇は、 「歴史書」の編纂を命じています。 近現代の感覚では違和感があるかもしれませんが、 日本は世界的にみても長い歴史を持つ国のひとつです。 しかも、天皇家は長い連続性をもった歴史的存在です。 その辺を前提として、記載通りの「歴史」があるのだと、 理解するしかないと思います。