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あるテーブルに後からPrimary Keyを追加しようと思い ALTER TABLE charge_records ADD PRIMARY KEY(id)

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Duplicate entry '0' for key 'PRIMARY' プライマリキーにしたい項目に、'0'の値が複数件あるってことでしょう。 どれかを削除して一件にすればエラーは無くなるでしょう。 > 全てのレコードに1〜最終行まで番号割り振 同じ項目を持った新しいテーブルを定義します。ただし連番にしたい項目はauto_incrementにしておきます。 古いテーブルから、新しく作ったテーブルへ連番にしたい項目を省いてinsert into as selectでデータ投入します。