自閉症の可能性は高いと思います。
会見の時の話し方や目線のやり方、話すときに一定のリズムで身体を揺らしたり、首の動かし方が独特だったので。
ただ彼の場合は才能もそうですが、環境に恵まれていたので成人に近付くにつれて爽やかな好青年に育っていったのでしょう。
ご両親が彼の興味ある物を否定せず、好きなようにやらせた。
推測ですが、ご家族は彼を変に特別視せずごく普通の男の子として接していたのでしょう。
そして杉本師匠は師として弟子の才能も人間性も大切にして守ろうとしているのでしょうが、
師匠が対マスコミに前面に出る事で藤井さんが安心して将棋に専念出来るように防壁の役割りを果たしているのだと思います。
また藤井聡太さんは元々の性格が柔かい人で学習する事に貪欲なのでしょう。
なので将棋以外でも、場数を踏むことで無意識のうちにデータを吸収して分析し、適正な形に修正していく事が出来るのかと思います。
回答の最初の方で藤井さんの独特な動きについて述べましたが、今現在ではかなり修正されています。