「最初に二塁手と遊撃手の二人がどこにいたのか？」も「二塁手と一塁走者がどこで衝突したのか？」も文面からは読み取れませんが、複数の野手が打球に向かって近づいていて走者と接触したようなケースでは、上述した事項も判断材料に含めて
審判員はそれらの野手のうちから、本項の適用を受けるのに最もふさわしい位置にあった野手を１人決定して、その野手に触れた場合に限ってアウトを宣告する
《野球規則６・０１（ａ）の（１０）より》
という裁定を下すことになり、本件も「打球を処理するのに最もふさわしい野手は二塁手ではなかった」と判断した場合は走者妨害とするが、そうでない場合には守備妨害であると裁定することになるわけです。
質問文の限られた情報で判断するのであれば、最終的に遊撃手が飛球の捕球をできていないことからも「飛球の捕球を二塁手に任せたこと」が判断できますから、本件はよほど二塁手の方が不自然に走者の進路を妨げるような打球にへの接近をしていない限りは守備妨害とすべきケースと言えるでしょう。
なお「野手が打球を処理しているかどうか」の判断は
「野手が打球に対して守備し始めてから、処理をして送球し終えるまで（または完全にボールに対する守備機会を逸した状態になるまで）」
であり、捕球体勢に入っていたか否かは判断材料にはなり得ますが決定的な決め手とはなりません。
