民法では、自力救済を禁じてます。 当然、石を投げて車を傷つける行為(報復)も自力救済の範囲です。 なので、事故とは別として考えられるのでその時についた傷に関しては、完全に石を投げた人の責任になり、賠償責任を負うことになります。 石を投げるよりも、相手のナンバーや車種を覚えたり、余裕があればスマホのカメラで撮影したり、証拠を残す事に尽力したほうがいいでしょう。