排泄って「小」と「大」があるかと思います(具体的な排泄物についてはお察しください)。
男性は「小」の場合はそれ専用の便器があります。
女性の場合は「小」「大」ともに同じ便器を使います(個室に入る)。
排泄をする際に目的関係なく同じ列に並ぶことになります。
女性トイレの場合排泄には個室に入るしかないため男性用トイレに比べて便器の数が少なくなります。
あるいは女性トイレが男性トイレより面積を広げても今度は空きのある便器を見つけるのが男性用に比べて難易度が上がります(ずらっと一列に配置されているわけではないため)。
さらには排泄の手順が
個室に入る→扉を閉める→着座する→下着を脱ぐ→排泄する→紙で拭く→流す→下着をつける→扉を開ける→個室を出る
と男性が小便器で「小」を済ませるのに比べて時間がかかります。
以上の理由から高速道路の休憩施設のみならずトイレで女性用のほうが行列ができやすくなってしまいます。