副業での給与所得はシステム上必ずばれますが、ネット依頼等での副業は雑所得なので、確定申告時に副業分を普通徴収で申請すれば納付書が届くので会社にはばれないと思います。念のためにお住みの税務署に普通徴収の申請が可能か事前に確認しておくと安心かもです。