変速ショックの大小自体は、ATミッションには許容範囲ですから負担云々を気にされる必要はありませんし、将来ATミッション自体にトラブルが起こったとしても、その走行方法の是非よりも個体差やトータルでの走行状況によるものでしょう（総合的な走行速度や発進停止・シフト回数など）。 また、車全体への負担という意味では、これもすぐにどうなるというレベルではありませんし、実際に質問者さまの走行方法を体験したわけではありませんが、あえてのアクセル操作により、加速中に不自然な前後の荷重移動が生じているとすれば、例えば不必要にエンジンが前後に揺すられる回数などが増えますので、エンジンマウントや各種ブッシュ類の劣化などは若干早くなるかもしれません。 ところで質問者さまの走行方法で燃費はどの程度改善されていますでしょうか？ 車への負担という意味では、低回転での走行によってノッキングなどが起きることが多ければ、エンジン本体への負担が気になります。 JA11のF6Aエンジンは、さほど高回転まで回りませんし、低速トルクがあることでも評価されていますが、それでも本来はある程度以上の回転域で最も効率よく働くエンジンです。 ですので、燃費はともかく、エンジンのことを考えれば、あまり低回転を多用するよりは、ある程度の高回転域（タコメーターの真上前後）まで使って走行された方が、エンジン調子は維持しやすいと思います。 なお、ご承知のとおりJA11のATは3速の上にロックアップ機構が無いため、どのように加速したとしても、高速走行では極端に燃費が悪化します。 車への負担の軽減をお考えであれば、アクセルの踏み加減はゆっくり一定で、高回転まで回ってもシフトアップのタイミングはATに任せ、かつ速度は控えめに極力定速で…という方法が最も理想的かと思われます。