結論から言えば、「そう決まっているから」という回答になってしまいます。 標準報酬月額は報酬を元に決定されますが、その報酬とは、賃金、給料、俸給、手当、賞与等名称に関係なく、被保険者が事業主から労働の対償として支払を受けるすべてのもの指しており、以下のようなものが報酬とみなされます。 ・被保険者が自己の労働の対償として受けるものであること ・事業所から経常的かつ実質的に受けるもので、被保険者の通常の生計にあてられるもの 通勤費についてはこの2番目に当たるというのが、行政における解釈です。 この説明を聞いても釈然としない気持ちはもちろんわかりますが、行政がそうであるという以上は、そうである、としか言いようがありません。 なお、通勤費が報酬に含まれることで標準報酬月額が高くなることはよくありますが、決して悪いことだけではありません。 保険料は会社と本人が折半しているため、本人負担分も上がりますが、会社負担分も上がるからです。 このことにより将来の年金額や、健康保険の傷病手当金の金額が高くなる可能性もあります。 悪いことばかりではない、と諦めてもらうしかないと思います。