日本語でいう「働いていない」「働かない」の違いだと思います。文法的にはdoesn'tも置くことができます。ですが少し意味が変わってきます
英語において進行形(ing)というのはその時点一点を指します。なので、「He is not working」はnowという言葉がなくとも、「(今は)働いていない」というニュアンスを含みます。一方で「He doesn't work」は「彼は(これからも)働かない」というなんというか無職の人みたいなイメージですかね、、
また、likeとかloveなどの感情を表す動詞や、liveやhave(所有)などの状態を表す動詞は、原則 進行形にすることができません。「(今まさに)〜がすき」や「(今まさに)ここに住んでいる」というのが不自然だからです。