母ユイのお兄さん……つまりは伯父さんです。 ユイが死んで(消えて)、ゲンドウはシンジを伯父夫婦に押しつけました。 以来、シンジは伯父夫婦の家で育ちます。 「おじさん」ではなく「せんせい」と呼ぶのは伯父さんが教師だったからという憶測がされていますが、それに加えて歓迎されてない身であることを失していたシンジの遠慮でしょうね。 ちなみに叔父さんの家にはシンジと同年代の男の子がいましたが、仲良くなることはなかったようです。