その従業員から「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」は提出してもらっていないのですね？ そのような場合、どうやって年末調整をしたのでしょう。 適当にやったことになりますね。 「･･･申告書」を提出してもらっている場合は、年末調整をする義務があります。もし、その申告内容に間違いがあったとしても、会社には責任はありません。 ただ、 いずれにしても、本人が確定申告をすれば正しい税額になりますので、実害はないと思います。