1. 推測でしかありませんが、サンドペーパーがけの回数を減らしてコストダウンしたのではないでしょうか。(工場ですから、サンドペーパーなのかどうか分かりませんが、いずれにせよそのような工程)
通常、面取りと言いますが、表面を滑らかにするためには粗い目のものからかけて、これを徐々に細かくしていきます。なので、より滑らかにするためには工程数がそれだけ増えることになります。
気になるのであれば、サンドペーパーをかければ良いと思います。指板の中のマーク(インレイと言います)は埋め込んであるので、少々サンドがけしたところで消えません。ギターの指板をサンドペーパーで磨くことはよくあります。番手で言えば、少々粗いということであれば、400番か600番ぐらいから初めて、1.5倍ずつ番手を上げて2000番までやれば、かなり細かくなります。フレットがついたままサンドがけするためには、横方向にするしかありませんが、2000番ぐらいまで行けば、多分磨き線も気になるほどではないかとは思います。(個人差があると思うので、要らない木で先に試しても良いかと思います。)
ただ、一緒にフレットを削ってしまうと、すり合わせがおかしくなる可能性があるので、磨くところの両サイドのフレットはしっかりマスキングテープで守ってください。
2. 配線が見えてしまうというのは、ピックアップのところでしょうか?はみ出てるとかであれば、ピックアップのネジがあると思うので、それでピックアップを外して、配線を埋め直せば良いと思います。そのギターの様子が分からないので、細かいことは言えませんが、外す時には、元の状態の写真を撮るようにしてください。分からなくならないように。
見えたままでも、基本、問題はありません。引っかかって、引っ張って接点が取れる、とかはもしかしてあるかも知れませんが。