日本のファン界隈においては、非公式パッチの影響が未だに残っているのだと思います。
非公式パッチでは、固有名詞（キャラ名、地名など）はアルファベットのまま書くという方針でした。
それを見てファンが二次創作した結果、キャラ名や地名だけ英語で表記されるということが多くなり、今になってもそれを見た新規ファンが影響を受けている可能性があります。
英語表記のままにされた理由については、
・カタカナ表記がどうなるのかは公式にしか分からない
例えばPapyrusという英単語は、日本語だと「パピルス」と読むことが多いですが、英語で発音すると「パパイラス」に近い音になります。
結局日本語版の名前はパピルスになりましたが、もしTobyさんが「いや、パピルスじゃなくてパパイラスなんだけど…」と言い出す可能性もあったわけです。
実際、非公式パッチ時代にキャラクターの名前をカタカナで書く時は、
アルフィー→アルフィス
ナプスタブルーク→ナプスタブルック、ナップスタブルック
など、今の日本語版とは違う表記をされる場合もありました。このように「tobyさんが想定していた読みと違う読み方をしてしまう可能性がある」という背景が理由のひとつでは。
（公式翻訳にはtobyさんが直接、なおかつ深く関わっているので、おそらくキャラ名のカタカナ表記は公式の方がトビーさんの想定に近いかと）
・名前が英語のダジャレになっているものがある
例えば、日本語版でいうスノーフルの町は、英語だと「Snowdin（スノーディン）」という名前です。
「Snowed in（ストウドイン）」で「雪に埋もれる」という意味があり、それに掛けたダジャレです。
日本語版だと、日本人に伝わりやすく「スノー降る」となっています。
アンテにはこのようなダジャレネーミングが多いため、「ダジャレの翻訳、どうする？（そのままカタカナにすると原文で表現したいことが損なわれるが、かといってファンが勝手に日本語のダジャレにするのもどうかと…）」というような問題もあったのだと思います
