文面通りに見れば、 「確定申告したので、ワンストップ特例は無効になりました」 ということかと思いますが、 ワンストップ特例も使っておらず、確定申告でふるさと納税を申告したのであれば、このような通知は普通はきません。 まずできることは、確定申告書の控えを確認して、「寄附金控除額」の欄にふるさと納税した金額-2,000円が記載してあるか確認です。 記載がなければ、確定申告でふるさと納税を申告しなかったということになりますので、更正の請求をすることで解決します。