what 以下の文全体の深層構造は、 It is X that is making the noise upstairs. (「上の階の物音をたてているのは X だ」） という強調構文です。 X (未知のもの） に、what を代入。 It is what that is making the noise upstairs. ここで、「疑問詞の文では、疑問詞は文頭に置く」という英語の大原則にしたがって、 ◎ What it is that is making the noise upstairs. （これを疑問文にするには、it is ⇒ is it と主語と be 動詞を入れ替え、What is it that is making the noise upstairs ?。 参考： He is honest. ⇒ Is he honest ?) 上の二重丸の文を、I wonder の目的語にします。 I wonder what it is that is making the noise upstairs. という、問題文ができました。