書かれている質問文があまり理解できないのは、私の読解力が
無いからではないと思うのですが・・・・
>中学校の英語の授業で教科書の発音記号通りの指導がされていません。
教科書の発音記号通りの指導がされていないのなら、それはココで
尋ねることではなく、英語の先生本人に聞くしかないでしょう。
質問文をそのまま理解すれば、教師の教え方が悪いと読み取れ
ますが。
もし、質問者さんが中学生だとすれば、「発音記号」って何なのか
理解されていますか? 質問者さんは「発音記号=アルファベット→
ローマ字」と誤解されているのではないかと予想しているのですが、
発音記号はアルファベットとは違いますよ。そもそも発音記号は
中学校では教えないので、質問者さんが中学生なら発音記号自体を
知っていることが疑問です。
>アをオと読ませることがほとんどです。
例えばアルファベットの Uをアと発音させるのは何故か、等という
事が質問者さんの言いたい事だとすれば、答えは英語のアルファ
ベットはローマ字読みをするものではないからです。Uはローマ
字だと「ウ」と読みますが、英語ではこもった感じの「ア」と
発音します。
細かく説明すると書ききれませんが、その規則性については、
フォニックスという発音法を勉強すると良いです。ただ、フォ
ニックスを学校(や塾でも)教えない事も多いですし、一つ一つ
勉強するのも大変なので、まずは沢山の英語を読んだり書いたり
聴いたりして段々慣れることですね。そして、ローマ字は英語
ではないので、切り離して考えるようにしてください。