自治体によりますが1次の方が基本的に優先されます。 うちの自治体では有利になるということではなく、1次時点で1度利用調整をしてそれぞれ入園を決めます。なので1次の申し込み時点で園への振り分けが終わっているのです。 人気の園はそこで一杯になる可能性もあります。 1次で希望園に入園できず、入園保留になった方は2次の利用調整の対象となるのでそこで希望園の変更などができるように2次、3次募集があるのでしょう。 入りたい保育園があるのなら1次で申し込みするべきです。 どうしても間に合わない理由があるのなら自治体に相談したほうがいいですよ。