ホテルが無効になるだけ。
帰りの航空券部分まで無効になることは無い。
ただし、GOTO Travelの補助金を使っている場合は、補助金の不正受給と認定される可能性があるので、そういう事態になると予想された時点ですぐにJALPAKの緊急連絡先に連絡し、指示を仰ぐのがBEST。これを怠って、「あ、意図的に宿泊しなかったな。」と判定され、補助金支給対象外なので、後から補助金返還+地域共通クーポン返納指示が来たりなんかしたら洒落にもなりません。また、その指示も無視して放置したら、今流行りの「補助金詐欺」と認定されて、最悪のケースとして「逮捕」だってあり得ますからね。なんで、面倒とか思わずにJALPAKの緊急連絡先に即電話して指示を仰ぎましょう。