最終的には団体の判断だと思うので、確定的には申し上げにくいですね。
例えば鹿児島県の受験案内では「受験申込書,受験票及びエントリーシートの記入要領」として「 記載した内容に虚偽・不正があると採用される資格を失うことがあります」と明記しています。
ですから、これを明記していない団体であったとしても、同様の趣旨に基づいて取り消しの可能性はあると言えます。
しかし、面接カードの記載事項「そのもの」で採否を決めるのではなく、面接官が「面接の参考」として質疑応答を行い、質問者さんの人柄や行動規範を評価して合格を出しているものです。
加えて言えば、質問者さんは記入の段階では当該テーマの卒論に挑んでいたのでしょうから、「虚偽・不正」とまでは言い難い面があります。
ですから、そもそも卒論の単位が取れていないことを確認するとは思えませんし、万が一それを知り得たとしても、それを理由に採用を取り消すことはないと考えます。